Comparaison des méthodes de la fonction expresso() du package affy

load("./dataToComp.RData")
# Gènes en colonnes / lignes = méthodes
data.to.comp = as.data.frame(t(data.to.comp))
data.to.comp

Divisions des méthodes point par point :

On ne change qu’un paramètre à la fois :

paramètres par défaut : sumstat = mas norm = “constant” pm.cor = “mas” bg.cor = “mas”

DEG : Ranksum

# Liste de toute les méthodes
methods = row.names(data.to.comp)
# Dataframe rempli de valeur binaire (0/1)
upset = Upset.Binary.Dataframe(data.to.comp)

Background correct :

# comparaison pm
methods_bg.cor = upset[grepl("background",methods)]
methods_bg.cor
upset(methods_bg.cor, 
      sets = c("background mas Up", "background rma Up"), 
      sets.bar.color = "#56B4E9", 
      order.by = "freq", 
      )

upset(methods_bg.cor, 
      sets = c("background mas Down", "background rma Down"), 
      sets.bar.color = "#56B4E9", 
      order.by = "freq", 
      )

PM correction :

la méthode “subtractmm” est éliminée (produit un jeu de données remplie de ‘NAs’)

methods_pm.cor = upset[grepl("pm.cor",methods)]

upset(methods_pm.cor, 
      sets = colnames(methods_pm.cor)[grepl("Up",colnames(methods_pm.cor))], 
      sets.bar.color = "#56B4E9", 
      order.by = "freq", 
      )

upset(methods_pm.cor, 
      sets = colnames(methods_pm.cor)[grepl("Down",colnames(methods_pm.cor))], 
      sets.bar.color = "#56B4E9", 
      order.by = "freq", 
      )

Express summary Stat :

  • medianpolish : fait un log2() des valeurs
  • playerout : boucle infinie ?